Aunque ya desde 1293, Alcalá de Henares contaba con un Estudio General aprobado por el Rey Sancho IV, la Universidad de Alcalá fue fundada por el Regente de España, el Cardenal Cisneros, en 1499 como proyecto educativo absolutamente novedoso. En él se conciliaban los mejores modelos de la tradición de entonces -París y Salamanca- con aquellos otros más innovadores como Bolonia y Lovaina. El Cardenal Cisneros quiso que esta Universidad, que nacía con la Edad Moderna como avanzada en España de las corrientes renacentistas y humanistas de Europa, fuera el crisol donde se educara no sólo el clero regular y secular dispuesto a afrontar la reforma eclesiástica, sino también los nuevos funcionarios competentes que necesitaban los reinos de España. El éxito de aquella empresa hizo que Alcalá se convirtiera en la sede de una aristocracia universitaria que hizo posible nuestro Siglo de Oro.

Durante los siglos XVI y XVII, la Universidad de Alcalá se convirtió en el gran centro de excelencia académica: en sus aulas enseñaron y estudiaron grandes maestros como Nebrija, Tomás de Villanueva, Ginés de Sepúlveda, Ignacio de Loyola, Domingo de Soto, Ambrosio de Morales, Arias Montano, Juan de Mariana, Francisco Vallés de Covarrubias, Juan de la Cruz, Lope de Vega, Quevedo, etc. El prestigio de sus estudios así como de sus maestros la convirtió muy pronto en el modelo sobre el que se constituyeron las nuevas Universidades en América.

El siglo XVIII, sobre todo en el último tercio, fue especialmente crítico para los estudios universitarios en España, ya que se vieron sometidos a reformas transcendentales en sus métodos de enseñanza. Sin embargo, es en ese período cuando Melchor de Jovellanos llega a nuestra Universidad y se confiere el grado de Doctora en Filosofía, a la primera mujer que lo recibe en España, Maria Isidra de Guzmán y de la Cerda.

Trasladada a Madrid a mediados del siglo XIX, como resultado del proceso de desamortización, la aspiración de recuperación de la Universidad de Alcalá se mantuvo viva desde entonces gracias a la Sociedad de Condueños. El aliento de los alcalaínos, el prestigio de su pasado, la recuperación de la memoria histórica y el nuevo impulso que dio a la educación en España la transición democrática, hicieron posible que en 1977 volviera a abrir sus aulas la Universidad de Alcalá. Desde entonces hasta la fecha, el esfuerzo colectivo y el tesón de sus gestores han hecho posible recuperar su patrimonio intelectual, cultural y arquitectónico. La singularidad del modelo universitario, la aportación histórica a las letras y a las ciencias, a la belleza y riqueza de sus edificios ha hecho que el 2 de Diciembre de 1998, la UNESCO declarara la Universidad de Alcalá, Patrimonio de la Humanidad.

En la actualidad, la Universidad de Alcalá es una institución moderna, de tamaño medio, reconocida en Europa y América como modelo a imitar. A los clásicos estudios humanistas y de ciencias sociales, la Universidad de Alcalá ha incorporado las más novedosas titulaciones en todos los campos científicos como las ciencias de la salud o distintas ingenierías distribuidas en sus diversos campus, que constituyen todas ellas, junto con el Parque Científico y Tecnológico, un factor decisivo de proyección internacional y de elemento dinamizador de la actividad en nuestra región.

Sus casi 25.000 alumnos, 1.700 profesores y 800 trabajadores administrativos y de servicio dan vida a 41 Titulaciones Oficiales, 15 Programas Oficiales de Postgrado, 43 Doctorados (15 de ellos con Mención de Calidad) y una importante oferta de Másteres y Estudios de Especialización. La reconocida calidad de sus estudios, el desarrollo de importantes líneas de investigación, sus relaciones internacionales, el interés histórico-artístico de sus emblemáticos edificios, sus nuevas y modernas instalaciones y su completa adaptación a las demandas del actual mercado de trabajo la sitúan a la vanguardia de las universidades públicas.